De beschikbare beurzen worden verdeeld via een getrapte selectieprocedure. De onderwijsinstellingen selecteren in eerste instantie de kandidaten. De geselecteerde kandidaten worden daarna voorgedragen aan VSBfonds.

Het aantal te selecteren kandidaten verschilt per onderwijsinstelling. De VSBfonds Beurs kan alleen worden aangevraagd bij de hogeschool of de universiteit waar de student op dit moment studeert en gaat afstuderen
 

De selectie van kandidaten bestaat uit een schriftelijke en een mondelinge fase. De volledige criteria voor beide fasen zijn te vinden onder 'Voorwaarden'. Iedere deelnemende hogeschool of universiteit selecteert zelf hun kandidaten voor de VSBfonds Beurzen. Dit wordt gedaan door een selectiecommissie. Deze selectiecommissie kent een brede samenstelling, zodat een objectieve keuze gewaarborgd is.

Behalve de reguliere aantallen kandidaten, kunnen de onderwijsinstellingen ook altijd één of meerdere reservekandidaten voordragen. Wanneer er reguliere kandidaten zijn die na de selectieprocedure alsnog afvallen of zich terugtrekken, maken de reservekandidaten een kans. De reguliere kandidaat maakt een grote kans de VSBfonds Beurs daadwerkelijk te krijgen, de reserve-kandidaat heeft een zeer kleine kans. Reservekandidaten krijgen tegelijk met de reguliere kandidaten bericht omtrent toekenning van de beurs (half mei).

VSBfonds heeft de Nuffic, de Nederlandse organisatie voor internationale samenwerking in het hoger onderwijs, belast met de uitvoering van het Beurzenprogramma. Na de selectie door de onderwijsinstelling verlopen de contacten met de studenten dan ook via de NUFFIC.
De Nuffic controleert vervolgens de voordrachten en de selectieprocedure. Op basis daarvan besluit VSBfonds uiteindelijk welke kandidaten definitief een VSBfonds Beurs ontvangen.